Ухудшение экономического положения и возрождение сословных форм стратификации общества усиливали социальную напряженность. На дорогах Италии становилось опасно – разорившиеся крестьяне и ремесленники, бывшие солдаты и обедневшие феодалы объединялись в разбойничьи отряды и жили грабежом. Все более частными становились голодные бунты в городах и крестьянские волнения. Восставшие громили поместья, убивали сборщиков налогов, уничтожали налоговые описи, земельные договоры. Как правило, никаких политических требований не выдвигалось – протестные движения были стихийными и плохо организованными. Исключение составили лишь крупные восстания 1647 г. в Неаполе и Палермо. В Неаполе летом 1647 г. вспыхнуло восстание плебса, во главе которого встал рыбак Мазаньелло. Это выступление поддержали средние городские слои, а также крестьяне из окрестностей Неаполя. Восставшие выпустили из тюрем заключенных и взяли в осаду крепость, где укрылся вице-король. 22 октября в Неаполе была провозглашена республика. Вице-король и испанские чиновники бежали. Однако уже к весне 1648 г. испанцам удалось подавить восстание. В Палермо городские низы также свергли власть испанского вице-короля и провозгласили республику. Восстание распространилось на большую часть Сицилии, но победа повстанцев оказалась столь же скоротечной. По сути все подобные выступления представляли собой традиционные для Средневековья крестьянско-плебейские бунты и не могли привести к существенным политическим переменам. В Италии отсутствовал важнейший идеологический фактор, мобилизовавший социальное противостояние в большинстве стран Европы – протестантское движение.

Кризис католической церкви, давший толчок Реформации, отразился и на развитии итальянского общества. В конце XV в. в самых разных социальных слоях распространялись идеи религиозного обновления и морального очищения. Постепенно сложилось два направления этого духовного движения. Одно из них опиралось на традиции итальянского гуманизма и критического рационализма. Большую популярность в интеллектуальной элите итальянского общества того времени снискали идеи испанца Хуана де Вальдеса, критиковавшего католические догмы. Последователи де Вальдеса Пьетро Карнасекки, Маркантонио Фламинио, Галеаццо Караччоло создали гуманистический кружок в Неаполе. Вскоре «гуманистическая ересь» начала быстро распространяться в университетах Италии. Для многих итальянских интеллектуалов были характерны пантеистические воззрения, натурфилософское понимание христианской веры. С рациональных позиций критике подвергались многие догматы римско-католической церкви. Большой интерес вызывала ранняя евангелическая традиция. В ходе философско-теологических дискуссий обсуждались не только различные аспекты вероучения, но и содержание Библии, степень достоверности ее содержания. Антонио Бручоли перевел текст Библии на итальянский язык еще за два года до издания в Германии немецкого перевода Лютера.

Распространение религиозно-философского свободомыслия в Италии в XVI–XVII вв. во многом подготовило духовный подъем эпохи Просвещения. Но на этой основе не могло сложиться мощное реформационное движение. Свойственные итальянским мыслителям вольные толкования предмета веры, скептическое отношение к догматике, религиозный синкретизм вызывали неприятие не только со стороны католического духовенства, но и протестантов в других странах Европы. Не отвечала подобная рационализированная форма обновленческого движения и массовым настроениям. Народные анти–католические выступления в Италии начались задолго до событий в Германии и Швейцарии. Но идеологически они были больше связаны с возрождением средневековых ересей и даже языческих верований, нежели переосмыслением католических догматов. После поражения крестьянской войны в Германии в различных районах Северной Италии появились анабаптисты – представители эгалитарного реформационного учения, отрицающего церковное устройство. Их учение было популярным в первые десятилетия XVI в. среди итальянского плебса, но так и не смогло вытеснить католическую конфессиональную культуру.

Более влиятельное обновленческое движение сложилось в лоне самой католической церкви. Причиной его возникновения, помимо вызова протестантизма, являлось крайнее падение престижа папской курии. Высшие иерархи католической церкви вели светский образ жизни. Многие из них не отличались личной добродетелью. Папа Лев X (1513–1521) и его преемник Климент VII (1523–1534) втянули Святой престол в длительную череду войн, выступая скорее в роли государей, а не понтификов. В эти годы моральной оппозицией папству стали неформальные духовные движения в среде католического клира. Начало им положили «братства», пропагандировавшие идеи возрождения христианские благочестия. В их состав, как правило, входили и священнослужители, и миряне. Наиболее известными были братства «Ораториум божественной любви», возникшие в Риме, Венеции, Генуе, Падуе. Участники братств весьма негативно относились к действиям папской курии, но принципиально не противопоставляли себя церкви. Интерес к евангельским принципам сочетался в их проповедях с представлением о нерушимом единстве вселенской церкви и святости всех католических догматов. На основе братств в 20-30-х годах XVI в. в Италии начали возникать новые ордены, отстаивавшиеся идеалы нравственного очищения и христианского благочестия. В Венеции был основан орден сомасков, в Милане – орден барбанитов. Особую известность приобрел орден театинцев, основанный в 1524 г. Его глава Гаэтано да Тьене был ярким проповедником францисканских идей – обета бедности, идеалов нестяжательства и духовности церкви, приоритета убеждения в вопросах распространения веры. Проповедь театинцев во главе с да Тьене нашла широкий отклик среди приходского клира и монашества. Ее поддержал и орден капуцинов, возникший в 1528 г. на основе ордена францисканцев.

Деятельность сторонников католического обновления достигла пика во время понтификата папы Павла III (1534–1549). В 1537 г. по решению Папы была создана комиссия по обновлению церкви, начавшая подготовку Вселенского собора и борьбу против стяжательства представителей курии. Но инициатива среди сторонников обновления вскоре перешла к более радикальному крылу. Его лидером был Джан Пьеро Карафа, еще один влиятельный представитель ордена театинцев. Карафа призывал к непримиримой борьбе против протестантов и отказу от компромисса с гуманизмом. Эта линия получила название теоцентризма – стремления к сохранению высшего таинства и безусловного авторитета веры. По настоянию Карафы Папа учредил в 1542 г. Римскую инквизицию, призванную добиваться сохранения чистоты веры. Это решение стало символом смены церковного Возрождения на Контрреформацию.

В 1545 г. состоялось открытие Триденского Вселенского собора, посвященного церковной реформе. Деятельность собора протекала в три этапа: при Павле III – в 1545–1547 гг., при Юлии III – в 1551–1552 гг. и при Пие IV – в 1562–1563 гг. Перерывы были связаны с растущим разочарованием в обновленческих идеях. Характерно, что Карафа, ставший папой в 1555 г. под именем Павла IV, во время своего понтификата вообще не стал возобновлять работу собора. Но зато в Италии резко усилился террор инквизиции. В 1543 г. Карафа запретил печатать любые сочинения без дозволения инквизиторов, которые надзирали также за торговлей книгами и их пересылкой. Первые каталоги запрещенных книг были составлены по инициативе местных церковных властей в Венеции, Флоренции и Милане. В 1559 г. в Риме появился Индекс запрещенных книг, обязательный для всей церкви.

Итоговые решения Тридентского собора носили сугубо схоластический характер. Было подтверждено равенство Священного Писания (Библии) и Священного Предания как источников веры, утверждены догматы о главенстве папской духовной власти над авторитетом Вселенского собора, о семи таинствах, чистилище, первородном грехе и спасении верой. Был также подтвержден порядок осуществления мессы, исповеди, поклонения святым, отменена продажа индульгенций. Особые предписания касались мер по восстановлению религиозной дисциплины духовенства. После завершения собора католическая церковь превращается в одну из наиболее консервативных общественных сил в Европе. Контр-реформация приобрела воинствующий характер. Папа Пий V (1566–1572) дал свое благословение террору инквизиции в Испании и Португалии и вооруженной борьбе с гугенотами во Франции. Папа Григорий XIII (1572–1585), известный своими инициативами по реформированию календаря, приложил немало усилий для укрепления влияния в церкви иезуитов. Под их руководством оказалась вся система обучения и подготовки священнослужителей. Своего пика Контр-реформация достигла при папе Сиксте V (1585–1590), когда была обновлена структура и организация кардинальского корпуса, усилена власть самого Папы и модернизирована управленческая система Папского государства.

Контр-реформация привела к усилению роли Святого престола в европейской политике, но способствовала дальнейшей политической стагнации итальянских государств. Эта тенденция наглядно проявилась во время войны с Османской империей в 1570–1573 гг. По инициативе папы Пия V была создана «Святая лига» в составе Венеции, Испании, большинства итальянских государств и Мальтийского ордена. Но результаты войны оказались крайне неудачными – турки сумели захватить Кипр, а испанцы окончательно потеряли Тунис, который признал вассальную зависимость от султана. Триумфальная победа испано-венецианского флота над османским в Коринфском заливе близ местечка Лепанто (7 октября 1571 г.) не остановила захват Османской империей островных владений слабеющей Венеции.