Село Дивеево, которое перед восстановлением монастыря было практически мертвым, вновь ожило. Его центром является монастырь, который, хотя и живя на скромные пожертвования паломников, способен нести расходы на реставрационные работы в большом храме иконы Божией Матери «Умиление», не законченном и не освященном до революции.

Для Патриарха возрождение этого монастыря было чудом, которое каждый день возобновляется в этом месте, где каждый православный паломник принимается с тем особым чувством любви, которое преподобный Серафим выражал словами: «Радость моя, Христос воскресе!», обращаемыми к каждому человеку, приходившему к нему.

31 июля 1992 года Святейший Патриарх Алексий II вновь совершил паломничество в Серафимо-Дивеевский монастырь, где встретил тысячи верующих, собравшихся в монастыре по случаю дня памяти преподобного Серафима. Трогательно было видеть тысячи православных верующих из различных частей России, которые, не найдя места в маленькой сельской гостинице, спят в храме, рядом с ракой, где покоятся мощи преподобного. В тот торжественный день Патриарх выразил надежду, что празднование памяти преподобного в Дивеево станет подобно празднику преподобного Сергия Радонежского в Троице-Сергиевой Лавре, куда архиереи, священники и верующие приезжают каждый год из самых далеких мест России, чтобы соединиться в молитве.

Стоит вспомнить здесь также обретение мощей святителя Иоасафа Белгородского 28 февраля 1991 года и святителя-исповедника Патриарха Тихона 22 февраля 1992 года.

16 августа 1991 года состоялось второе освящение самого древнего русского собора – Софии Новгородской (XI век) – после того, как он был закрыт советскими властями в 1929 году. В течение стольких лет этот важный храм был в небрежении. Повторное освящение этого собора стало событием, которое Патриарх вспоминал с большим волнением: «Когда я освящал алтарь, над тринадцатью куполами, блестящими золотом и серебром, в спокойном новгородском небе появилась радуга с красивейшими, яркими и четкими цветами. Она напоминала радугу, которую, по Священному Писанию, увидел в небе Ной, во свидетельство, что всемирный потоп закончился и что человек получил отпущение грехов». В день этого освящения Патриарх, приветствуя множество верующих, собравшихся на торжественную церемонию, сказал: «Где храм святой Софии – там Новгород», – вспоминая слова одного журналиста по случаю подписания акта о возвращении храма Русской Православной Церкви. Это было сделано по решению Новгородского областного Совета депутатов, который одновременно принял решение возвратить Церкви чудотворную икону Божией Матери «Знамение» и Варлаамо-Хутынский, Иверский, Валдайский и Юрьевский монастыри.

«Девять с половиной веков назад, – отметил Патриарх, – Софийский собор, шедевр религиозного творчества нашего народа, был создан людьми церковными. Девять веков Церковь хранила это бесценное сокровище. И лишь шестьдесят лет назад эту функцию взял на себя музей. Благодаря музейным работникам за их самоотверженный труд, зачастую подвижнический, мы должны сегодня восстановить историческую справедливость и принять на себя заботу об этом храме, в котором вновь должна совершаться служба Божия».

Пасха 1992 года была охарактеризована Патриархом как «первая Пасха России, свободной от коммунизма». В Москве, по прошествии более семидесяти лет, мелодичный звук колоколов с колокольни Ивана Великого возвещал окончательно освобожденному городу о Воскресении Спасителя Иисуса Христа. На улицах столицы появились плакаты с написанными на них поздравлениями российскому народу уже не с «субботником», днем всеобщего безвозмездного труда, как в советские времена, а с «Праздником праздников».

В 1999 году состоялись празднования 70-летия Патриарха, и многочисленные деятели Русской Православной Церкви, государства, мира культуры и науки отметили это событие в московском Большом театре.

В дни Пасхи 2000 года, которые совпали с 55-летней годовщиной победы в Великой Отечественной войне, Патриарх вместе с российским, украинским и белорусским президентами, В.В. Путиным, Л.Д. Кучмой и А.Г. Лукашенко, посетил бывшее поле битвы под Прохоровкой, в Белгородской епархии. После совершения литургии в храме святых апостолов Петра и Павла и молитвенного поминовения павших за Родину Алексий II освятил «колокол единства» трех братских славянских народов.

10 июня 2000 года Русская Православная Церковь отметила десятилетие Патриаршего служения Алексия II. В храме Христа Спасителя сослужили литургию семьдесят епископов, представители Поместных Православных Церквей и 400 священнослужителей из Москвы и области.

Во время этих торжеств Президент В.В. Путин, обращаясь к Патриарху, сказал: «Русской Православной Церкви принадлежит огромная роль в деле духовного собирания российских земель после многолетнего периода безверия, нравственной разрухи и богоборчества. Происходит не только восстановление разрушенных храмов. Восстанавливается традиционная миссия Церкви как ключевого фактора социальной стабильности и объединения россиян вокруг общих моральных приоритетов – справедливости и патриотизма, миротворчества и благотворительности, созидательного труда и семейных ценностей. Несмотря на то что Вам довелось вести церковный корабль в нелегкое противоречивое время, прошедшее десятилетие стало уникальной эпохой реального возрождения нравственных основ жизни общества. В этот ответственный момент отечественной истории миллионы наших сограждан с глубоким уважением прислушиваются к Вашему твердому, сердцем выстраданному слову пастыря. Россияне благодарны Вам за Ваши молитвы, Ваше попечительство об укреплении гражданского мира в стране, о гармонизации межнациональных и межрелигиозных отношений».

В своем докладе Юбилейному Архиерейскому собору 2000 года Алексий II охарактеризовал состояние отношений между Церковью и государством следующими словами: «Патриарший престол постоянно поддерживает контакт с высшей государственной властью Российской Федерации, других стран Содружества Независимых Государств и Балтии, парламентариями, региональными руководителями. В ходе бесед с главами государств, правительств, депутатами, начальниками различных ведомств неизменно стараюсь ставить насущные проблемы церковной жизни, а также говорить о бедах и нуждах народа, о необходимости созидания мира и согласия в обществе. Как правило, нахожу понимание и впоследствии вижу добрые плоды поддержания церковно-государственных отношении на высшем уровне. Регулярно проходят мои встречи с руководителями государств дальнего зарубежья, их послами, аккредитованными в Москве, главами иностранных Церквей и религиозных организаций, руководством межправительственных структур. Не побоюсь сказать, что эти контакты во многом способствуют укреплению авторитета нашей Церкви в мире, ее вовлеченности в глобальные общественные процессы, устроению жизни русской православной диаспоры».