Однако, вернувшись в Киев, он не сдержал своего обещания. 7 апреля 1992 года, в праздник Благовещения, за богослужением во Владимирском кафедральном соборе митрополит Филарет объявил о своем отказе уйти с поста Предстоятеля Украинской Православной Церкви, что он, «взвесив сложную обстановку в Церкви и просьбы паствы и епископата УПЦ, решил остаться… Я прошел Голгофу. Такой Собор был первым за 30 лет моего пребывания в епископском сане. Мне дана Грамота Патриарха Московского и всея Руси Алексия II в 1990 году на пожизненное возглавление УПЦ. Поэтому я считаю, что в сложной нынешней ситуации в Украине я не могу идти на поводу у архиереев РПЦ и оставить на произвол украинскую паству».

По инициативе Патриарха Алексия II Синод поручил старейшему архиерею Украинской Церкви митрополиту Харьковскому Никодиму (Руснаку) задачу созвать Архиерейский собор Украинской Церкви, чтобы принять отставку митрополита Филарета и выбрать нового Предстоятеля. 26 мая Патриарх направил митрополиту Филарету телеграмму, в которой он, апеллируя к его христианской совести пастыря Церкви, просил его во имя и во благо Церкви подчиниться каноническим властям. В тот же день митрополит Филарет собрал в Киеве своих сторонников, назвав это собрание «Всеукраинской Конференцией в защиту канонических прав Украинской Православной Церкви». На этом совещании решение Синода Русской Церкви было отвергнуто. 27 мая 1992 года Архиерейский собор, созванный митрополитом Никодимом, выразил вотум недоверия митрополиту Филарету и изгнал его с Киевской кафедры при поддержке Синода Русской Церкви, одобрившего это серьезное решение. Патриарх Алексий II, в соответствии с решением об Украинской Православной Церкви, принятым Архиерейским собором в октябре 1990 года, утвердил и благословил новоизбранного митрополита Киевского, бывшего тогда митрополитом Ростовским и Новочеркасским, Владимира (Сабодана) в качестве главы Украинской Православной Церкви.

После сопротивления, предпринятого митрополитом Филаретом, он был подвергнут анафеме со стороны Суда Архиерейского собора Русской Православной Церкви, будучи признанным виновным в целом ряде канонических преступлений. Примечательно, что Собор не осудил митрополита Филарета за вышеизложенные факты, относящиеся к автокефалии, подтвердив на самом деле, в соответствии с изначальной линией, возможность предоставления автокефалии Украинской Церкви.

Святейший Патриарх подчеркнул, что, «несмотря на усилия раскольников и поддержку, предоставленную им государственными властями, а также клеветнические кампании прессы против Московского Патриархата, раскол не получил значительного распространения. С ними и говорить бесполезно… Мы не забыли слов апостола Павла: «От глупых и невежественных состязаний уклоняйся, зная, что они рождают ссоры; рабу же Господа не должно ссориться, но быть приветливым ко всем, учительным, незлобивым, с кротостью наставлять противников, не даст ли им Бог покаяния к познанию истины» (2 Тим. 2, 23–25)».

На Юбилейном Архиерейском соборе в Москве в августе 2000 года было заслушано выступление Предстоятеля Украинской Православной Церкви митрополита Владимира о положении Православной Церкви на территории Украины. Велась острая дискуссия относительно изменения канонического статуса Украинской Православной Церкви. В результате обсуждения вопроса было принято решение воздержаться от каких-либо действий, которые бы могли привести к углублению регионального разделения Украины и явиться причиною новых церковных расколов.

Юбилейный Архиерейский собор Русской Православной Церкви 2000 года принял Определение об Украинской Православной Церкви, которым подтвердил статус управленческой независимости и самостоятельности Украинской Православной Церкви. Собор епископов Украинской Церкви 22 ноября того же года заявил: «Пребывая в каноническом единстве с Московским Патриархатом, мы имеем реальную возможность влиять на его церковную политику, что никак не возможно сделать извне. Вместе с тем Украинская Православная Церковь вместе с РПЦ представляет собой самую многочисленную юрисдикцию, обладающую влиятельным и авторитетным голосом в православном мире. Кроме того, неоценимый вклад наше каноническое единство вносит в создание дружеских отношений между Украиной и Россией и является залогом мира и стабильности – как между государствами, так и в них самих. Если же политические силы в Украине не могут воспользоваться возможностями УПЦ в вопросах, в которых наши интересы совпадают, то это случается не через Ее слабость или связь с Москвой, а через отсутствие конструктивного диалога с Церковью. К сожалению, наши оппоненты не в состоянии мыслить на далекую перспективу, поскольку их мысли оказались замкнутыми в узких границах примитивного большевистско-националистического мировоззрения или меркантильности западной идеологии».

На состоявшемся в конце июня 2008 года Архиерейском соборе РПЦ Патриарх Алексий II в своем докладе Собору 24 июня заявил: «Раскол украинского Православия возник именно вследствие вторжения политических стихий в церковную жизнь».

Состоявшийся в Москве 27–28 января 2009 года Поместный собор Русской Православной Церкви принятым 28 января Определением «О жизни и трудах Русской Православной Церкви» одобрил деяния Архиерейских соборов, состоявшихся в период между Поместными соборами (то есть с 1990 года) и не рассматривал статус Украинской Православной Церкви отдельным вопросом в повестке.

По окончании Поместного собора РПЦ митрополит Владимир (Сабодан) так ответил на вопрос журналиста «И все-таки вам нужен автокефальный статус или нет?»: «Этот статус должен венчать все наши усилия. Но сначала нужно достигнуть единства. Статус можно утвердить любой, приемлемый или неприемлемый». При встрече со Святейшим Патриархом Кириллом в августе 2009 года президент Украины В.А. Ющенко заявил: «Самое большое желание украинского народа – жить в единой Поместной Православной Церкви». На что Патриарх ответил: «Эта церковь, господин президент, существует. Поместная Церковь есть в Украине. Если бы ее не было, не было бы сегодня Украины».

Кроме украинского вопроса, Святейший Патриарх Алексий II столкнулся также с очень трудными ситуациями в Молдавии, странах Балтии и даже внутри России, хотя и не с таким драматическим результатом, как на Украине. Исключение составляют события в Эстонии, которые, безусловно, явились очень глубокой раной для патриаршего правления Алексия II.

Необходимо отметить, что в течение двух лет после избрания Патриархом Алексий II продолжал возглавлять Таллинскую епархию, руководя ею через своего викарного епископа Корнилия (Якобса). Поддерживая его своим авторитетом, Патриарх создал такие условия для нового епископа, которые помогли ему приобрести необходимый опыт для последующего самостоятельного управления Эстонской Православной Церковью.