7 июня 1999 года был принят Закон Республики Казахстан «Об образовании», который, помимо высшего базового образования (бакалавриат) со сроком обучения 4 года, и высшего научно-педагогического образования (магистратура) со сроком обучения 1–2 года, внедрил в структуру высшего образования «высшее специальное образование» со сроком обучения не менее 4 лет и с присуждением квалификации «специалист с высшим профессиональным образованием».

Таким образом, присвоение высшему образованию статуса специального, впрочем, как и профессионального, приобрело законодательный статус, хотя напрямую противоречит академическому, то есть научно-педагогическому, характеру высшего образования по самым различным и даже особым специальностям.

17 июня 1999 года была подписана Болонская декларация, которая провозгласила принятие европейской системы высшего образования, основанной на двух основных циклах: достепенной – бакалавриате и степенной – магистратуре. Причём доступ к второму циклу предусматривал успешное завершение первого цикла продолжительностью не менее трёх лет.

Таким образом, Казахстан осуществил переход на двух уровневую систему высшего образования несколько ранее подписания Болонской декларации. Однако в течение 5 лет после принятия Закона «Об образовании» высшее специальное образование оставалось основным и единственным уровнем в Казахстане. Только отдельные вузы, имеющие хорошие международные связи, в экспериментальном порядке осваивали образовательные программы бакалавриата и магистратуры.

Прорыв в направлении двухуровневого высшего образования произошёл в 2004 году, когда большинство вузов Казахстана перешли на подготовку бакалавров по четырёхлетним и магистров – по двухлетним образовательным программам. Принят «Классификатор специальностей высшего образования», где указаны специальности бакалавриата и магистратуры, по которым вузы Казахстана могли осуществлять подготовку специалистов. Затем вузовскими коллективами были подготовлены и утверждены Министерством образования и науки Республики Казахстан государственные общеобязательные стандарты образования по подготовке бакалавров и магистров по всем специальностям, указанным в «Классификаторе специальностей высшего образования».

В стандартах по подготовке бакалавров приводился перечень квалификаций и должностей, которые могли занять выпускники данной специальности. В соответствии с этими стандартами основным критерием завершённости образовательного процесса в бакалавриате являлось освоение студентом не менее 128 кредитов, или не менее 5 760 часов теоретического обучения, и не менее 6 кредитов, или 450 часов профессиональной практики. Студент бакалавриата должен был освоить 75–91 кредит, или 3 375–4 095 часов по обязательному компоненту, и 38–58 кредитов, или 1 710–2 385 часов по компоненту по выбору.

На написание и защиту дипломной работы (проекта) отводилось 4–8 кредитов, или 180–360 академических часов. Из них на научное руководство, консультирование, рецензирование и контроль оформления дипломной работы отводился 1 кредит. В течение одного семестра длительностью 15 недель студент очной формы обучения по специальностям бакалавриата должен был освоить 18–22 кредита, или 810–990 часов.

Несмотря на наличие столь обильных количественных требований, в этих стандартах никак не акцентировано внимание на качественных критериях научных требований к дипломным работам бакалавров как к исследовательским проектам, на связь этих работ с практикой научных исследований вообще и с темами и требованиями к магистерским и докторским работам в частности.

Государственные общеобязательные стандарты образования по магистерским специальностям по форме были похожи на стандарты по специальностям бакалавриата, но по содержанию были другими. К примеру, в стандартах магистратуры предусматривалось два вида образовательной программы: профильная и научно-педагогическая. Профильная магистратура имела продолжительность обучения от 1 года до 1,5 лет, а научно-педагогическая – 2 года. Основным критерием завершённости образовательного процесса в магистратуре является освоение магистрантом при научно-педагогической подготовке не менее 46 кредитов и при профильной подготовке – не менее 36 кредитов. Профильная и научно-педагогическая магистратуры, хоть и не сильно, отличаются также и задачами.

Так, профильная магистратура направлена на:

• выработку способности к самосовершенствованию и саморазвитию,

• потребности и навыков самостоятельного творческого овладения новыми знаниями в течение всей активной жизнедеятельности;

• подготовку специалистов с высоким уровнем профессиональной

• культуры, в том числе и культуры профессионального общения, имеющих гражданскую позицию;

• приобретение навыков организации и проведения научных исследований, получения необходимого задела для продолжения научной работы в докторантуре.

В то время как научно-педагогическая магистратура направлена на то же самое, но с добавлением:

• углублённой теоретической и практической подготовки в избранном

• направлении науки и педагогической деятельности;

• способности формулировать и решать современные научные и практические проблемы, преподавать в вузах, успешно осуществлять исследовательскую и управленческую деятельность;

• получения знаний в области вузовской педагогики и психологии и опыта преподавания в вузе.