Одним словом, получается, что профильная магистратура не готовит людей к педагогической и иной образовательной деятельности, что предусмотрено даже в средних специальных учреждениях профессионального образования, выпускающих инженерно-педагогические кадры. Вполне понятно, что смысл профильных магистратур как структур высшего образования по подготовке научно-педагогических кадров по прикладным научным специальностям полностью был утерян.

В этих стандартах, так же как и в отношении бакалавриата, не акцентировано внимание на качественных критериях научных требований к магистерской работе, чем она отличается от научно-исследовательских работ бакалавра и доктора и как связана с ними в частности и с наукой в целом.

Следует отметить, что подготовка и утверждение государственных общеобязательных стандартов образования по подготовке бакалавров и магистров не были просто инициативой вузов или министерства, а осуществлялись в соответствии со статьёй 30 Конституции Республики Казахстан, которая предусматривает организацию учебной деятельности на территории страны по государственным общеобязательным стандартам образования.

Трёхуровневая структура высшего и послевузовского образования была закреплена новым Законом Республики Казахстан «Об образовании», принятом 27 июля 2007 года.

В соответствии с новым законом учебные программы высшего образования должны быть ориентированы на подготовку специалистов с присвоением квалификации и/или академической степени «бакалавр». Лица, завершившие обучение по профессиональной учебной программе высшего образования с присуждением академической степени «бакалавр», могут занимать должности, для которых квалификационными требованиями предусмотрено высшее образование.

Содержание профессиональных учебных программ высшего образования предусматривает изучение цикла общеобразовательных дисциплин, цикла базовых дисциплин, цикла профилирующих дисциплин, а также прохождение профессиональной практики по соответствующим специальностям. Каждый цикл дисциплин состоит из дисциплин обязательного компонента и компонента по выбору. Дисциплины из компонента по выбору обучающегося в каждом цикле должны содержательно дополнять дисциплины обязательного компонента.

Срок освоения профессиональных учебных программ высшего образования определяется государственным общеобязательным стандартом высшего образования и должен составлять не менее четырёх лет.

Далее законом устанавливается, что послевузовское образование приобретается гражданами, имеющими высшее образование. И что подготовка научных и педагогических кадров осуществляется в магистратуре и докторантуре высших учебных заведений и научных организаций, а также путём направления стипендиатов международной стипендии «Болашак» на обучение в зарубежные высшие учебные заведения с очной формой обучения в соответствии с перечнем специальностей, ежегодно утверждаемых в порядке, установленном законодательством Республики Казахстан.

Подготовка кадров в магистратуре осуществляется на базе профессиональных учебных программ высшего образования по двум направлениям:

1) научному и педагогическому со сроком обучения два года;

2) профильному со сроком обучения не менее одного года.

Обучающемуся, успешно прошедшему итоговую государственную аттестацию и публично защитившему магистерскую диссертацию, присуждается академическая степень магистра по соответствующей специальности. В докторантуре осуществляется подготовка докторов философии (PhD) и докторов по профилю на базе профессиональных учебных программ магистратуры со сроком обучения не менее трёх лет.

Здесь мы видим одно очень важное отличие структуры высшего образования в Казахстане от структуры, предусмотренной Болонской декларацией. В соответствии с новым законом магистратура не относится к второму уровню (циклу) высшего образования, а переведена на уровень поствузовского, то есть «послевысшего» образования, что сводит магистратуру к уровню дополнительного последипломного образования, которое хотя формально и не признано, но фактически существует и должно быть восстановлено де-юре. Выведение магистратуры из структуры высшего образования явно диссонирует с Болонской декларацией.

Другим отличием является то, что Болонская декларация не регулирует третью ступень высшего образования и передаёт это право высшим учебным заведениям. В Республике Казахстан на этом уровне предусматривается подготовка докторов философии (PhD) или докторов по профилю в соответствии с «Классификатором специальностей высшего и послевузовского образования» от 2009 года, являющимся государственным стандартом, а также с государственными общеобязательными стандартами образования по специальностям докторантуры.

На сегодняшний день ряд университетов Казахстана готовят докторов философии или докторов по профилю. Подготовка докторов философии осуществляется в зарубежных университетах или с приглашением профессоров зарубежных вузов в качестве соруководителей докторантов и для ведения учебных занятий. Некоторые вузы осваивают двухдипломные магистерские и докторские образовательные программы, предусматривающие одновременную выдачу диплома казахстанского вуза и диплома зарубежного вуза-партнёра лицам, успешно освоившим эти программы.