Сомнения Маршалла по поводу законов об иностранцах и подстрекателях отделили его от самых крайних федералистов и приблизили к терпящему бедствие президенту Адамсу. Проиграв выборы 1800 года, Адамс в январе 1801 года уже занимал пост президента, когда ему представилась возможность назначить нового главного судью Соединенных Штатов. Его первым выбором стал Джон Джей, который ранее занимал пост главного судьи; президент ни с кем не посоветовался и даже отправил назначение Джея в Сенат, не получив одобрения Джея. Оливер Уолкотт считал, что все рассматривали эту кандидатуру «как сделанную в одном из тех „спортивных“ настроений, которыми отличается наш вождь». Когда Адамс узнал об отказе Джея, он понял, что не может больше медлить и, возможно, позволит своему преемнику-республиканцу получить назначение. 21 января Адамс направил в Сенат имя своего государственного секретаря Джона Маршалла — в тот самый день, когда палата федералистов приняла новый судебный акт.

Не все федералисты были довольны выдвижением Маршалла. Теодор Седжвик сказал, что когда Маршалл был в Палате представителей в конце 1790-х годов, некоторые члены «считали его временщиком, а другие — глупцом». Сам Седжвик говорил, что Маршалл был «привязан к удовольствиям, с сильно укоренившимися привычками к общению», и поэтому «он нетороплив» с «сильной привязанностью к популярности», что делает его «склонным по всем популярным вопросам чувствовать общественный пульс». Тем не менее, после попыток некоторых сенаторов-федералистов переубедить президента, 27 января 1801 года Сенат всё-таки утвердил сорокапятилетнего Маршалла в должности нового верховного судьи. [1088]

КОГДА В НАЧАЛЕ ЯНВАРЯ выборы Джефферсона застопорились в Палате представителей, Маршалл склонялся к тому, чтобы предпочесть Бёрра Джефферсону, хотя ничего не знал о Бёрре. У него были «почти непреодолимые возражения» против того, чтобы Джефферсон стал президентом, сказал он Александру Гамильтону. Предрассудки Джефферсона в пользу Франции делали его «совершенно непригодным для главной магистратуры» Соединенных Штатов. Джефферсон, по его мнению, будет играть в пользу популярной Палаты представителей, увеличит свою личную власть и ослабит президентство. «Он уменьшит свою ответственность, нарушит фундаментальные принципы правительства и станет лидером той партии, которая вскоре составит большинство в законодательном собрании… Я не могу заставить себя помогать мистеру Джефферсону». И все же 4 марта 1801 года, спустя чуть больше месяца после того, как он сам был утвержден в должности главного судьи Соединенных Штатов, ему пришлось принести присягу президента этому человеку, которого он так сильно недолюбливал. Как ни неловка была ситуация, все, что он мог сделать, чтобы показать своё недовольство, — это отвернуться от Джефферсона во время принесения присяги. [1089]

Хотя в период с 1789 по 1801 год Федералистский суд принял решение всего по шестидесяти трем делам, он, безусловно, сделал многое для утверждения своего положения в национальном правительстве. Он утверждал, что уголовное общее право действует в федеральных судах, и стремился выработать расширенное определение измены Соединенным Штатам, чтобы укрепить федеральную власть. Он расширял свою юрисдикцию за счет судов штатов, защищал гарантированные права от вторжения штатов и утверждал верховенство федеральных законов над законами штатов. Помимо того, что Суд приступил к разработке своих правил процедуры, он проделал долгий путь к налаживанию отношений с нижестоящими федеральными судами и судебными органами штатов.

Однако, несмотря на многообещающее развитие федералистского института, он оставался, по словам Гамильтона, «наименее опасной» ветвью власти и был далёк от того, чтобы иметь последнее слово в толковании Конституции. [1090] Конгресс претендовал на роль не менее важного толкователя Конституции, как и штаты. По мере того как Америка становилась все более демократичной, Верховный суд, как и все суды, казался все более аристократичным и уязвимым для нападок со стороны населения. Найти способных людей для работы в нём становилось все труднее. В период с 1789 по 1801 год в Суде работали двенадцать человек. Пятеро из них, включая двух главных судей, ушли в отставку. Суд с трудом собирал кворум, из-за чего рассмотрение дел переносилось, а иногда заседания и вовсе отменялись. Моральный дух в Суде ухудшился. Джон Джей, отклонив предложение Адамса о повторном назначении на пост главного судьи, объяснил, что у суда нет необходимой «энергии, веса и достоинства» для поддержки национального правительства и мало шансов приобрести их. [1091]

Маршалл решил исправить эту ситуацию. Он стремился сплотить Суд, отказавшись от прежней практики, когда каждый судья выносил своё собственное мнение, что было принято как в английских судах XVIII века, так и в судах американских штатов. Вместо этого он убедил младших судей в большинстве случаев принимать коллективное решение (обычно написанное им самим), тем самым повышая авторитет Суда за счет того, что он выступал единым фронтом. [1092]

Он не навязывал своё мнение коллегам с сильными взглядами. Напротив, он превратил Суд в «группу братьев» и работал над достижением консенсуса путем дружеских дискуссий и нередких бокалов вина. В Суде существовало правило, согласно которому вино пили только во время дождя. Маршалл мог выглянуть в окно в солнечный день и решить, что винопитие допустимо, поскольку «наша юрисдикция распространяется на столь обширную территорию, что доктрина вероятности позволяет с уверенностью утверждать, что где-то должен идти дождь». [1093]

За первые четыре года пребывания Маршалла в должности, с 1801 по 1805 год, Суд вынес сорок шесть письменных решений, все из которых были единогласными. Маршалл участвовал в сорока двух, и в каждом из них он написал мнение суда. Даже после 1810 года, когда республиканских судей стало больше, чем федералистов, Маршалл сохранил своё приятное доминирование. Джозеф Стори, который поступил в суд в 1811 году в возрасте тридцати двух лет как республиканец и трезвенник, быстро поддался обаянию Маршалла и его винопитию и стал его горячим сторонником. В общей сложности с 1801 по 1815 год Маршалл написал 209 из 378 заключений Суда. [1094]

В конечном итоге главным достижением Маршалла стало сохранение существования Суда и отстаивание его независимости в условиях враждебного республиканского климата. Он начал с того, что изменил лордский имидж Суда. При федералистах судьи, как правило, носили либо индивидуальные академические мантии, либо мантии алого цвета с горностаем в подражание английской королевской скамье — одежду, которую один сенатор-республиканец назвал «мантией цвета партии» деспотичной судебной власти. [1095] Своим примером Маршалл побудил своих коллег носить простые чёрные мантии республиканского образца, которые использовали судьи Виргинии.