Во время первосвятительства Святейшего Патриарха Алексия II состоялось 8 Архиерейских соборов, на которых были приняты решения, очень важные для жизни Русской Православной Церкви. 13 августа 2000 года в зале церковных соборов храма Христа Спасителя открылся Юбилейный архиерейский собор, в котором участвовали 144 епископа. На нем были канонизированы 1 тысяча 154 святых, из них 867 новомучеников и исповедников российских, среди которых святые страстотерпцы – последний император Николай II и члены его семьи, 230 мучеников, ранее чтимых только местно, и 57 преподобных, живших с XVI по XX век. Речь идет об очень значительной цифре, если принять во внимание, что с 1721 по 1917 год были канонизированы в общей сложности десять святых, а с 1988 по 1992 год Русская Православная Церковь канонизировала 21 российского подвижника веры и благочестия.

На Юбилейном соборе была принята также новая редакция Устава Русской Православной Церкви, которая, по словам Патриарха, «должна представлять программное основание последующего усовершенствования». «Очень важно, – отметил Патриарх, – чтобы нормы Устава были не только соборно одобрены, но и реально осуществлены в жизни нашей Церкви. Особенно важным представляется упрочение связи каждого прихода со своим епархиальным управлением, а епархий – с центром и между собой».

Другим важным событием этого Собора стало принятие, впервые в своей истории, социальной доктрины русского Православия, так называемые «Основы социальной концепции», где «сформулированы ответы Церкви на вызовы эпохи рубежа столетий».

Именно этот Собор принял особые меры в отношении положения Православной Церкви на Украине и в Эстонии. Ближайшими сотрудниками Патриарха в управлении Русской Православной Церковью являются постоянные члены Священного Синода. С марта 1997 по август 2000 года состоялись двадцать три заседания Синода, в которых, помимо постоянных членов, приняли участие сорок два архиерея. При закрытии Собора состоялось освящение храма Христа Спасителя и канонизация новых святых.

Расширение деятельности Русской Православной Церкви потребовало создания новых синодальных отделов и организаций: в 1991 году были учреждены Отделы по религиозному образованию, катехизации, благотворительности и социального служения Церкви; в 1995 году – Отдел по взаимодействию с Вооруженными Силами и правоохранительными органами и Миссионерский отдел; в 1999 году – Церковно-научный центр «Православная энциклопедия». Были также сформированы новые комиссии: Библейская (1990), Богословская (1993), По делам монастырей (1995), По экономическим и гуманитарным вопросам (1997), Историко-правовая (2000). В 1990 году уже было создано Православное молодежное движение.

Другим очень важным аспектом для внутренней жизни Русской Православной Церкви под руководством Алексия II стало количественное увеличение Русской Церкви. Так, на момент Поместного собора в июне 1990 года в Русской Православной Церкви было 92 архиерея. На июнь 2008 года, согласно докладу Патриарха Алексия II на Архиерейском соборе, Русская Церковь имела 196 архиереев. Согласно данным, приведенным управляющим делами Московской Патриархии митрополитом Владимиром (Сабоданом) в докладе «О современном состоянии Русской Православной Церкви после принятия нового Устава» на Архиерейском соборе в октябре 1989 года, общее количество приходов составляло 9734, монастырей – 35, священников и диаконов – 8100. Согласно докладу Патриарха на Архиерейском соборе в июне 2008 года, по тем же позициям цифры были следующие: 29 141 приход, 769 монастырей, 30 544 священнослужителя.

Одной из особенностей служения Святейшего Патриарха была его пастырская направленность, о чем свидетельствуют его многочисленные визиты, которые Патриарх регулярно совершал в епархии Русской Церкви, на самые отдаленные приходы, во вновь открывающиеся монастыри, школы, воинские части, дома престарелых, тюрьмы и т. п. Святейший Патриарх хотел установить прямой контакт со своим народом, с общественными институтами, с государственными структурами, неся всюду, куда бы он ни направлялся, свое сострадание, молитву, свою добрую отеческую нежность и заботу.

Патриарх уделял большое внимание своей пастве, как новообращенным, так и тем, которые исповедуют свою веру в течение долгого времени: «В области устроения приходской жизни важнейшее внимание следует уделять тому, чтобы люди, нашедшие недавно дорогу к храму, не покидали бы его из-за нечуткости и грубости со стороны церковных служащих, что, к сожалению, наблюдается в наших приходах. Каждый пришедший в храм должен оказаться в благожелательной среде, ощутить любовь и заботу верующих. Людей отталкивает от Церкви небрежное отношение священнослужителей к пастырским обязанностям, равнодушие».

Святейший Патриарх Алексий II уделял огромное внимание пастырскому служению, моральному облику пастыря, его богословскому образованию, подчеркивая преемственный характер связанных с клиром проблем, которые не зависят от временных обстоятельств и не диктуются современностью. В своем выступлении на собрании епископов в декабре 1995 года Патриарх, обеспокоенный безразличием части духовенства к традициям Церкви, сказал: «Это приводит к вольным или невольным искажениям всей церковной жизни… Некоторые в последнее время активно пытаются внедрить на приходах религиозно-демократический плюрализм… Правомерно и справедливо говорить о религиозном плюрализме в государстве, но не внутри Церкви… В Церкви – не демократический плюрализм, а благодатная соборность и свобода чад Божиих в рамках закона и святых канонов, которые не стесняют доброй чистоты свободы, но ставят преграду греху и чуждым Церкви элементам». К этому же вопросу он возвратился в своем докладе на Юбилейном Архиерейском соборе 2000 года: «Недопонимание значения церковной иерархии, имеющей Божественное установление, порой приводит клирика или монашествующего к опасному расхождению с каноническим правом, к гибельному для души состоянию».

Обращаясь к пастырям, Святейший Патриарх Алексий настаивал на необходимости того, чтобы Крещению взрослых предшествовала, по правилам Церкви, катехизация, и на упразднении практики коллективной исповеди: это свидетельствует о его усилиях консолидировать каноническую жизнь и повысить духовный уровень прихода. Он указывал также на необходимость соответствующего культурного и богословского образования духовенства, недостаточного на данный момент, и на отсутствие необходимого человеческого и духовного опыта со стороны многочисленных священников, подчеркивая, что эта нехватка связана «не с возрастом священнослужителя, а с отсутствием у него трезвого и мудрого подхода к духовнической практике». Он защищал свою паству, предостерегая ее от введения различных новшеств, противоречащих традициям Православной Церкви.