Патриарх заявлял: «Проявляя непомерную ревность, такие пастыри часто стремятся организовать приходскую жизнь по образу первохристианской общины, что смущает совесть верующих и нередко приводит к разделению в приходе или к его нарочитому обособлению. Хранение церковной традиции должно строго согласовываться с исторической данностью, ибо искусственная реставрация отживших форм приходской жизни способна серьезно исказить духовный строй общины и внести смуту».

На конец служения Святейшего Патриарха в России действовало 5 духовных академий, 3 православных университета, 2 богословских института, 38 духовных семинарий, 39 духовных училищ, пастырские курсы Красноярской епархии; общее число духовных школ – 87; при нескольких академиях и семинариях имелись регентские и иконописные школы.

Святейший Патриарх Алексий II уделял большое внимание организации благотворительной, миссионерской и катехизической деятельности. «Еще недавно круг деятельности священника ограничивался стенами храма, – отмечал Патриарх, – а Церковь была искусственно отсечена от жизни народа. Ныне ситуация радикальным образом изменилась. Священник стал общественной фигурой, его приглашают на радио и телевидение, в тюрьмы и воинские части, он выступает в средствах массовой информации, встречается с людьми разных профессий, различного интеллектуального уровня. Сегодня от пастыря требуется помимо высокой нравственности, безупречной честности и истинно православной духовности еще и способность говорить языком современного человека, помогать в разрешении самых сложных проблем, которые ставит перед верующими современная действительность… Очень важно возгревание соборных начал в жизни прихода… Рядовые члены прихода должны чувствовать свою сопричастность общему делу и свою ответственность за будущее церковной общины. Русская Православная Церковь должна приложить все усилия, дабы служение милосердия стало одним из приоритетных направлений ее деятельности». Особо отмечалась Святейшим Патриархом важность пастырского служения в тюрьмах и исправительных колониях, где, как он считал, необходимо нести заключенным таинства, слова утешения и духовного окормления, гуманитарную помощь, чтобы облегчить их включение в общество. Нужно отметить, что только в первое десятилетие Патриаршего служения Алексия II в тюрьмах было построено более 160 храмов и 670 молитвенных комнат.

Другим аспектом жизни Церкви, которому Алексий II уделял большое внимание, является монашество. «Влияние иночества на мир, – говорил Святейший Патриарх, – и обратное влияние мира на иночество в различные периоды истории приобретало на Руси характер судьбоносный, иногда трагический, связанный с расцветом или оскудением аскетического идеала в народной душе. Сегодня на современное монашество возлагается особая пастырская и миссионерская ответственность, ибо по причине урбанизации жизни наши монастыри находятся в тесном соприкосновении с миром. Мир приходит к стенам обителей, пытаясь найти там духовную поддержку, и монастыри наши своим молитвенным подвигом и доброделанием созидают и исцеляют душу народа, вновь научая его благочестию».

В течение первого десятилетия Патриаршества Алексия II количество монастырей стремительно возросло. Но Патриарх открыто заявлял, что «и сегодня в жизни монастырей по-прежнему имеется немало сложностей. Остается большой проблемой недостаток опытных духовников, что порой отрицательно сказывается как на строе монастырской жизни, так и на пастырском окормлении народа Божия. Поскольку духовник не только принимает покаяние, но и несет ответственность перед Богом за совершаемое душепопечение, он должен употреблять многие усилия, чтобы самому стяжать дар сострадательной любви, мудрости, терпения и смирения. Ибо только собственный духовный опыт, реальное знание того, что есть борьба с грехом, способны уберечь духовника от ошибок, сделать его слова понятными и убедительными для пасомых».

Святейший Патриарх одобрял и способствовал исполнению решения, принятого Синодом его Церкви, о смещении минимального возраста монашеского пострига к тридцати годам, за исключением студентов семинарии и овдовевших священников, чтобы помочь лучшему и более зрелому размышлению кандидатов в монашество о монашеском пути и о решении, которое они собираются принять, под духовным водительством старшего – опытного духовника, к которому они, в свою очередь, должны демонстрировать достаточный дух послушания.

В области связей с другими Православными Церквами-сестрами Святейший Патриарх Алексий II старался укреплять отношения со всеми Поместными Православными Церквами. В особенности во время конфликтов на Балканах Патриарх поддержал Сербскую Православную Церковь, открыто заняв весьма критическую позицию по отношению к военным действиям НАТО на территории бывшей Югославии. Весной 1999 года, во время бомбардировок Белграда со стороны НАТО, Патриарх отправился в Белград, где 20 апреля совершил литургию вместе с Патриархом Сербским Павлом, объединившись в молитве за сербский народ. В то тревожное время Патриарх Алексий заявил: «Мы становимся свидетелями вопиющего беззакония: несколько сильных и богатых стран, дерзостно считающих себя всемирным мерилом добра и зла, попирают волю народа, желающего жить иначе. Бомбы и ракеты сыплются на эту землю не потому, что защищают кого-то. Военные действия НАТО имеют другую цель – разрушить оплаченное большой кровью послевоенное мироустройство, навязать людям чуждый им порядок, основанный на диктате грубой силы. Но несправедливость и лицемерие никогда не одержат победы. Ведь, согласно древнему изречению: не в силе Бог, а в правде. Пусть мощь противника превосходит вашу – но на вашей стороне, дорогие мои, помощь Божия. Таков смысл всех исторических уроков».

Святейший Патриарх Алексий II от имени Русской Православной Церкви выступил перед лицом руководителей НАТО и глав государств Североатлантического блока в попытке предотвратить военное вмешательство во внутренние дела бывшей Югославии. Патриарх благословил благотворительные инициативы, как сбор денег и ценностей в храмах Москвы и других епархиях Русской Православной Церкви, в помощь беженцам Косова.

Нужно отметить, что Святейший Патриарх занял очень твердую позицию поддержки Болгарской Православной Церкви и ее Патриарха Максима, чтобы избежать раскола внутри одной из древнейших Православных Церквей, и способствовал встречам представителей Поместных Православных Церквей в Софии (30 сентября – 1 октября 1998 года), на которых рассматривались общеправославные вопросы, в особенности устранение разделения, возникшего внутри Болгарской Православной Церкви.

Он также уделял большое внимание отношениям с Румынской Православной Церковью, по причине создания ею Бессарабской епархии на канонической территории Русской Православной Церкви. Он видел в качестве единственной возможности канонического присутствия Румынского Патриархата на канонической территории Русской Церкви структуру, которая объединила бы приходы при представительстве Румынской Православной Церкви в Молдавии.

Патриарх, озвучивая синодальное решение, 30 марта 1999 года подчеркнул необходимость развивать более глубокие отношения между Русской Церковью и Восточными Дохалкидонскими Церквами, доводя до сведения верующих работу, совместно осуществляемую богословами в этой сфере.