Хоць перамовы і пачаліся, але яны зацягнуліся на доўгі час, на працягу якога паслы сустракаліся то ў Кракаве, то ў Маскве. Цяжкасць у перамовах была выклікана тым, што паслы Жыгімонта II Аўгуста патрабавалі заключэння вечнага міру, на што маскоўскі бок калі і згаджаўся, то толькі з умовай перадачы яму Кіева, Полацка, Віцебска і іншых гарадоў, якія ён лічыў рускімі, г. зн. сваімі. На гэта, зразумела, паслы ВКЛ пайсці не маглі. Самае большае, на што яны маглі згадзіцца, дык гэта не патрабаваць больш ад Масквы раней захопленых ёю ад ВКЛ гарадоў. У ліпені 1555 г. з BKЛ ад віленскага біскупа і ад віленскага ваяводы Мікалая Радзівіла была прыслана грамата да маскоўскага мітрапаліта Макарыя і да князя Івана Шуйскага, каб яны хадайнічалі перад царом Іванам IV аб заключэнні міру. 25 жніўня гэтага года Макарый паслаў у BKЛ грамату, у якой паведамляў аб згодзе цара прыняць паслоў і весці з імі перамовы аб міры. У студзені 1556 г. у Маскву і з’явілася пасольства ад Жыгімонта II Аўгуста ў складзе віцебскага ваяводы Збарыжскага, маршалка Яна Шымковіча і пісара Вацлава Мікалаева. Яны зноў прасілі аб вечным міры, але было заключана толькі перамір’е на шэсць гадоў, на працягу якіх дамовіліся весці перамовы аб вечным міры.

Аднак гэта перамір’е доўга не пратрымалася, і прычынай таму стала Лівонская вайна, якая ў студзені 1558 г. была пачата царом Іванам Грозным. Ужо значна раней Маскоўская дзяржава адчула патрэбу збліжэння з Заходняй Еўропай, якая мела больш развітую тэхніку і, наогул, культуру. Дарогу да Еўропы Маскве мог толькі адчыніць выхад да Балтыйскага мора, якое загароджвала Лівонія, што ў той час займала большую частку тэрыторыі сучаснай Прыбалтыкі. Спасылаючыся на тое, што ў даўнія часы землі Лівоніі належалі рускім князям і што яе сучасныя ўладары не жадаюць плаціць Маскве даніну, якую яны абавязваліся плаціць раней, Іван IV, к гэтаму часу ўжо пакарыўшы Казань і Астрахань, смела рушыў свае войскі на захад, дзеянні якіх адразу сталі паспяховымі. Імі былі захоплены гарады Нарва, Дэрпт, а пасля яны наблізіліся да Рэвеля. Лівонскі ордэн, які і да гэтага часу ледзь трываў, зараз, па сутнасці, канчаў сваё існаванне. Заключыўшы перамір'е з Масквой, ён пачаў шукаць саюзнікаў для барацьбы з ёй. Аднак яго звароты да Швецыі і Даніі нічога не далі. Яны, не жадаючы ўступаць у канфлікт з Масквой, адмовіліся дапамагчы.

Ужо раней у Лівоніі з’яўляўся намер збліжэння з ВКЛ, хоць у мінулым і варожым яму. Магістр Ордэна Кетлер і звярнуўся ў 1559 г. да Жыгімонта II Аўгуста як караля Польшчы па дапамогу, але той адмовіўся ад гэтай прапановы. Аднак калі той жа магістр звярнуўся зноў па дапамогу да Жыгімонта II Аўгуста, але ўжо як да вялікага князя ВКЛ, то той на гэты раз даў згоду. I вось тут менавіта і крыецца ўся каварнасць задумы польскіх вярхоў, па жаданні якіх і дзейнічаў Жыгімонт Аўгуст. Іх мэтай і было ўцягнуць ВКЛ у Лівонскую вайну. Як убачым далей, усё гэта было зроблена нездарма, бо ў той час найперш адпавядала іх інтарэсам. 31 жніўня 1559 г. магістр Кетлер і перадаў Лівонію пад пратэктарат ВКЛ. Пасля тое ж самае зрабіў і рыжскі арцыбіскуп. На першы погляд усё гэта было на карысць ВКЛ, бо значна павялічвала яго тэрыторыю. У прыватнасці, у склад яго вярталіся і Ніжняе Падзвінне, якое ў пачатку XIII ст. было захоплена Ордэнам у Полацка. За кошт гэтага ВКЛ павінна было паслаць сваю вайсковую сілу на дапамогу Лівоніі. У гэты час Расія зноў аднавіла вайну супроць Лівоніі і захапіла яшчэ шэраг яе гарадоў. У ліпені 1561 г. войска ВКЛ на чале з Мікалаем Радзівілам Рыжым уступіла ў Лівонію, але пацярпела паражэнне пад горадам Пярну. У гэты час Лівонскі ордэн і фармальна перастаў існаваць. 5 сакавіка 1562 г. магістр Кетлер у Рыжскім замку перадаў Мікалаю Радзівілу Чорнаму як прадстаўніку вялікага князя пячатку Ордэна і ключы ад Рыгі і зняў з сябе ордэнскую мантыю. Пасля гэтага ён быў прызначаны правіцелем Лівоніі, але ўжо ад імя Жыгімонта Аўгуста як вялікага князя, бо польскі сойм адмовіўся прыняць Лівонію пад сваю апеку, каб не парушаць перамір’е з Масквой. Гэтым самым ён свядома пакінуў ВКЛ у яго вайне з Масквой.

Усё адзначанае і стала падставай для Івана Грознага, каб пачаць вайну супроць ВКЛ. У выніку гэтага Беларусь у 1562 г. і стала галоўнай арэнай Лівонскай вайны. Калі рускія войскі прыходзілі пад Оршу і Віцебск і мелі поспех, то войскі ВКЛ з’явіліся каля Апочкі, Невеля і Веліжа, але былі адбіты. Яшчэ больш балючай для нашых зямель была зіма 1562–1563 гг., калі адмыслова для вайны з ВКЛ была сабрана каля Мажайска 80-тысячная руская армія, якая на чале з самім Іванам Грозным рушыла з Вялікіх Лукаў на Полацк. Ішла яна з вялікай асцярогаю, каб не выдаць сябе і знянацку захапіць гэты горад. Аднак з царскага войска ўцёк Багдан Хлызноў-Колычаў і паведаміў палачанам аб вялікай пагрозе для іх. Хоць яны гэтаму не далі веры, але ўсё ж схаваліся за сценамі горада. Іван Грозны праз свайго пасыльнага звярнуўся да палачанаў з граматаю, каб яны здаліся яму, што ён за гэта надзеліць іх рознымі вольнасцямі. Аднак ні ваявода Давойна, ні ўладыка Арсеній, ні ўсе палачане не захацелі ні ўлады цара, ні яго міласці. Яны нават пакаралі смерцю царскага пасланца, які прыйшоў да іх з граматай. Пасля гэтага Іван Грозны 31 студзеня 1563 г. загадаў сваім шматлікім войскам узяць Полацк у аблогу, а духавенству, якое было з ім, правіць малебны. Палачане, хоць і бачылі вялікае войска, якое акружала іх горад, не здаваліся, а білі па ім з гарматаў, і ядры падалі, як дождж. У выніку гэтага многа царскіх дваранаў загінула. Са свайго боку Іван Грозны загадаў біць па горадзе з гарматаў днём і ноччу. Два тыдні працягвалася абарона горада, і толькі тады, калі стральцам удалося ў некалькіх месцах запаліць сцяну, «град великий Полтеск» быў захоплены, што адбылося 15 лютага 1563 г. Летапіс так пасведчыў аб жахлівых выніках гэтай падзеі: И воеводу Полоцкого Довойну взял (Іван Грозны) и з женою его с панею, владыку Арсения, и князей и бояр з жонами и з детьми всех на голову вывел полоном, простых людей всех побил и в полон побрал на корен з жонами и з детьми выпленил». Іван Грозны да сваіх шматлікіх тытулаў дадаў і той, які сведчыў, што ён цяпер цар і вялікі князь Полацкі. Пацярпела паражэнне каля г. Глыбокага і 40-тысячнае войска ВКЛ, якое ішло з 20 гарматамі супроць войска Івана Грознага.

Такія катастрафічныя вынікі прымусілі BKЛ пайсці з Іванам Грозным на перамовы, якія адбываліся ў Маскве. Паколькі цар патрабаваў перадачы яму ўсёй Лівоніі і Полацка, то паслы ВКЛ з гэтым не згадзіліся, што і прывяло ў 1564 г. да ўзнаўлення вайны. Іван Грозны, не задавальняючыся ўзяццем толькі паўночнай Беларусі, загадаў свайму войску рухацца з Полацка да Менска і Новагародка. Дзеля гэтага ён дакладна распісаў, у які дзень павінны сустрэцца войскі полацкага і вяземскага ваяводаў пад Оршай каля вёскі Барань. Аднак войска ВКЛ на чале з Мікалаем Радзівілам Рыжым не дало магчымасці гэта зрабіць у выніку перамогі над імі каля ракі Ула 25 студзеня 1564 г. і пад Оршай 2 лютага гэтага ж года. У жорсткіх баях загінулі Пётр Шуйскі і многія дваране. Значэнне гэтых перамог найперш у тым, што яны сарвалі спробы Івана Грознага пранікнуць у цэнтр дзяржавы.

Побач з вайсковымі дзеяннямі зноў узнаўляюцца ў чэрвені 1566 г. і перамовы аб міры, але яны нічога ў гэтым кірунку не далі, паколькі прадстаўнік BKЛ патрабаваў вярнуць Полацк і Смаленск, і вайна працягвалася. Нягледзячы на шэраг паражэнняў рускіх войскаў, Земскі сабор у 1566 г. усё ж адобрыў намер Івана Грознага прадаўжаць Лівонскую вайну, што прывяло ў 1567 г. да аднаўлення вайсковых дзеянняў, ад якіх зноў такі найперш цярпела Беларусь. У перыяд 1567–1569 гг. рускія войскі, умацоўваючы пазіцыі каля Полацка, збудавалі крэпасці Суша, Сокал, Сітна, Красны, Казьяны, Усвяты, Туроўля. Вядома ж, усё гэта клалася вялікім цяжарам на плечы нашага насельніцтва, якое павінна было здабываць і дастаўляць будаўнічыя матэрыялы і выконваць земляныя работы. Лівонская вайна, якая цягнулася шмат гадоў, прынесла Беларусі незлічоныя людскія ахвяры і вялікія разбурэнні. Яна патрабавала вялікіх сродкаў на ўтрыманне арміі і на яе ўзбраенне. А гэта выклікала неабходнасць увядзення новых падаткаў і збораў, што прыводзіла да выключнага знясілення і дзяржавы, і народа. Вось на такім змрочным фоне Лівонскай вайны і ішла падрыхтоўка Люблінскай уніі.

Як вядома, Крэўская унія была навязана польскімі вярхамі ВКЛ у час яго цяжкіх унутраных і знешніх абставін. Праўда, адразу пасля яе заключэння Польшчы не ўдалося падначаліць сабе ВКЛ. I тады яе магнаты перайшлі да тактыкі паступовага падначалення сабе ВКЛ шляхам перыядычнага перазаключэння уній. Для гэтага зноў такі выбіраліся неспрыяльныя моманты ў жыцці ВКЛ, як, напрыклад, паражэнне Вітаўта ў 1399 г. на рацэ Ворскле, што прывяло да заключэння Віленскай уніі 1401 г. I ў далейшым практыка абрання таго ці іншага вялікага князя ВКЛ адначасова і польскім каралём несумненна садзейнічала ўсё большаму падначаленню ВКЛ Польшчы. Менавіта гэта паўтаравяковая традыцыя і дала падставу польскім вярхам здзейсніць канчатковую унію, якая б задаволіла эканамічныя і рэлігійныя інтарэсы польскіх магнатаў. Ім ужо было цесна ў межах самой Польшчы, і яны праглі набыць у ВКЛ новыя землі для сваіх маёнткаў, новых пасадаў, адчыніць там новыя касцёлы і кляштары для большага пашырэння каталіцтва. Нездарма ж у сярэдзіне XVI ст. маюць месца шматлікія набегі польскіх і мазавецкіх феадалаў з іх войскамі на заходнія землі ВКЛ з мэтай іх абрабавання.

Вось чаму пытанне аб канчатковым аб’яднанні ВКЛ з Польшчай усё больш набывала сваю злабадзённасць для апошняй. Гэта яскрава было бачна ўжо на Петракоўскім сойме 1550 г., дзе гаварылася аб неабходнасці заключэння уніі і правядзення агульных соймаў. Хоць гэта прагучала толькі дэкларацыйнай заявай, аднак чым далей, тым гучней і больш настойліва гучалі не толькі гэтыя, але і новыя патрабаванні. Так, у 1551 г. на сойме ў Вільні польскія паслы ўжо высоўвалі патрабаванні далучэння да Польшчы Падляшша, Валыні, Кіева і Северскай зямлі. Вось гэта і з’яўлялася галоўным, дзеля чаго патрэбна было заключэнне уніі. Пра тое ж самае, але яшчэ з большым імпэтам гаварылася і на Кракаўскім сойме 1553 г. Пытанне аб уніі, якое навязвалася польскім бокам, непакоіла шырокія слаі грамадства, яно стала прадметам вострай палемікі сярод публіцыстаў Польшчы i ВКЛ. Калі першыя, напрыклад, сцвярджалі, што ВКЛ з’яўляецца ўладаннем Польшчы, падораным ёй у свой час Ягайлам, то другія, адстойваючы незалежнасць сваёй дзяржавы, паказвалі небяспечнасць аб’яднання з суседняй краінай, дзе пануюць свавольства і распушчанасць нораваў.