Право короля на конфискацию имуществ осужденных марранов, одна из важнейших побудительных причин при введении инквизиции, явилось впоследствии средством для смягчения ее режима. Конфискованные имущества богатых марранов составляли весьма значительную статью дохода для португальских королей, но эта статья колебалась в зависимости от числа приговоров в инквизиционных трибуналах: в годы, когда число приговоров было невелико, король нуждался в деньгах. С другой стороны, марранам было выгоднее отдавать добровольно казне часть своих денег, чем рисковать всем состоянием в случае осуждения их трибуналом. На этой почве между ними и королем Иоанном III состоялось соглашение, установившее нечто вроде взаимного страхования. Был заключен договор на десять лет, по которому король обязывался не пользоваться своим правом конфискации имущества осужденных, под условием, чтобы все марраны вносили в казну ежегодно специальную подать. Раньше марраны платили римской курии, чтобы она ограничивала деятельность португальских инквизиторов; теперь они платили королю за смягчение последствий этой деятельности. Этот договор, по-видимому, плохо соблюдался во время регентства бывшего инквизитора, кардинала-инфанта Генриха (после смерти Иоанна III в 1557 г.), когда государством управляли доминиканцы и наводнившие страну иезуиты. Регент возобновил запрещение эмиграции марранов из Португалии: без особого разрешения никто не мог уезжать из страны со своим имуществом (1569). Торговые сделки с правительством возобновились при юном короле Себастиане, который постоянно нуждался в деньгах для своих военных экспедиций. Он получил от всех португальских марранов огромную сумму в четверть миллиона дукатов, гарантируя им за это в течение десяти лет неприкосновенность имущества осужденных. Кроме того, он разрешил марранам переселяться в другие страны с правом продавать свое недвижимое имущество и вывозить движимое (1577). Вскоре, однако, этот король-маньяк, помешанный на идее распространения христианства среди мусульман Северной Африки, погиб во время похода туда, а в 1580 году Португалия была соединена с Испанией под властью Филиппа II. Судьбы марранов в обеих частях объединенного государства уравнились.

Присоединение Португалии к Испании отдало весь Пиренейский полуостров в руки злого тирана Филиппа И, который был вознагражден этим за отпадение Нидерландов от Испании. Вся энергия инквизиторов трона и алтаря направилась на искоренение всяких ересей на полуострове, который должен был служить образцом истинно католического государства в расколотой реформацией Европе. Продолжалось и обуздание «иудейской ереси». Марраны тогда устремились в освобожденные Нидерланды, где по Утрехтской Унии была провозглашена свобода вероисповедания, но Филипп II отменил предоставленную португальским марранам свободу выезда из государства. Чтобы отделить сомнительных католиков от истинных, он возобновил старый закон, обязывавший новохристиан в Португалии носить отличительный головной убор желтого цвета, какой носили евреи в католических странах. Это облегчало агентам инквизиции шпионскую работу среди марранов. Португальская инквизиция была объединена с испанской на автономных началах: король получил от папы право назначать в Португалии особого главного инквизитора. Этот пост обыкновенно занимал Лиссабонский архиепископ. В обеих частях государства участились аутодафе, но в Португалии террор инквизиции был гораздо сильнее. Это побудило многих марранов переселиться в Испанию, пока власти не спохватились и не усилили надзора за ними на новых местах. В Севилье и Толедо жгли на кострах уличенных в иудействе «португальцев» вплоть до смерти Филиппа II (1598).

При Филиппе III, когда общий режим несколько смягчился, облегчилось и положение марранов. Король нуждался в деньгах, а у богатых марранов их было много; на этой почве можно было добиться соглашений и уступок. В 1601 г. Филипп III, получив от марранов двести тысяч дукатов, дозволил им свободно переселяться в испанские и португальские колонии Америки, куда раньше эмиграция затруднялась. На время устранены были и препятствия к отъезду в другие страны, особенно во Францию и Голландию, хотя правительство понимало, что промышленные марраны уносят туда богатства экономически падавшего испано-португальского государства. В 1602 году богатые марраны завели переговоры с правительством об испрошении у папы общей амнистии для привлеченных к суду инквизиции. Государственная казна была пуста, а тут предлагались огромные суммы: 1 860 000 дукатов королю, 50 000 — министру-фавориту Лерме и 100 000 — членам высшего совета инквизиции, Супремы. Против такого соблазна трудно было устоять, и в 1604 г. акт об амнистии был получен от папской курии, которая, вероятно, получила и свою долю от дара марранов. На один год деятельность инквизиции по отношению к марранам была приостановлена. Назначенное в Севилье большое аутодафе для беглых португальских марранов было отменено, 410 узников были выпущены на волю и все иудействующие были признаны «примиренными с церковью» в течение «года милости»; конфискованные у них имущества, еще не поступившие в казну, подлежали возврату владельцам. Но по прошествии срока амнистии Супрема напомнила всем инквизиционным трибуналам о необходимости возобновить работу по истреблению еретиков.

Среди многочисленных казней марранов обратил на себя внимание один необыкновенный случай. Потомок марранов Антонио Гомем (Нотет), диакон и профессор канонического права в университете Коимбры, слыл самым ученым христианским теологом в Португалии, но мантия служителя церкви не могла скрыть от зоркого ока инквизиции наследственные иудейские симпатии Гомема. За ним долго следили агенты инквизиции, однажды привлекли его к суду трибунала, но отпустили по недостатку улик и ввиду его больших научных заслуг. Позже, однако, ищейки инквизиции напали на след его тайной деятельности, и в 1619 году он очутился в когтях священного трибунала. Во время следствия обнаружилось, что Гомем принадлежал к союзу марранов под именем «Братство св. Антония», который имел свой центр в Лиссабоне. Там в одном из домов, скрытом за горшечным заводом, оказалась тайная синагога, где молились по иудейскому обряду и справляли свои праздники члены Братства. Следствие выяснило, что Гомем был руководителем богослужения и проповедником в этой синагоге. Улики были налицо, и после пятилетнего пребывания в тюрьме Антонио Гомем был приговорен к сожжению. 5 мая 1624 года на одной из площадей Лиссабона взошел на костер 60-летний профессор, одетый в рубище «кающихся», и сгорел живьем. Его дом был разрушен, и среди развалин был поставлен столб с надписью: «Praceptor infelix» (несчастный учитель).

Это было в царствование Филиппа IV (1621-1665), когда инквизиция особенно свирепствовала. В 1622 году около четырех тысяч марранов бежали за границу и там открыто соединились с еврейством. В христианском обществе усилилась вражда к марранам. Одни требовали полного их изгнания из страны, для того чтобы они не портили настоящих христиан, а другие настаивали, чтобы их не выпускали и даже ловили беглецов. С «иудейской ересью» связывались все церковные расколы XVI века. В сочинении «О еретическом вероломстве евреев» (1621) португальский писатель да Маттос городил такую чепуху: «Они всегда были врагами рода человеческого; они бродят как цыгане по свету и живут на счет других народов; они завладели всей промышленностью. Лютер начал с того, что сделался иудействующим. Все еретики были либо иудеи, либо потомки иудеев, как видно в Германии, Англии и других странах, где они размножились. Кальвин сам называл себя отцом иудеев». После казни профессора теологии Антонио Гомема юдофобская агитация усилилась. Невыносимое положение заставило марранов снова возбудить ходатайство об амнистии или, по крайней мере, о разрешении свободной эмиграции, причем предлагали королю огромные суммы денег. Против амнистии высказались папский нунций и генерал-инквизитор: прежние амнистии не исправили отступников, а только поощряли их к ереси. Просьба о свободном выезде за границу также не встречала сочувствия ни светской, ни церковной власти. Правительство опасалось, что от этого обеднеет государство и обогатятся те страны, куда марраны перенесут свои капиталы и промышленную энергию, в особенности враждебная Голландия. Духовенство же не хотело остаться без опекаемых грешных душ, которые оно очищало огнем; высший совет инквизиции доказывал, что нельзя допустить, чтобы соседние страны наполнились отступниками, которые там открыто перейдут в иудейство, между тем как на родине инквизиция может еще спасти многих для церкви. Король Филипп IV выслушал все мнения, но склонился к самому вескому аргументу: за полученный от марранов заем в 240 000 золотых дукатов он предоставил им свободу эмиграции из Португалии с правом вывоза своего движимого имущества и продажи недвижимого. Однако местные власти ставили эмигрантам всяческие препятствия в деле переселения и ликвидации имущества. Инквизиторы затрудняли даже внутреннее переселение: португальские трибуналы требовали, чтобы испанские выдавали им бежавших в Испанию еретиков.

В 1640 г. Португалия отделилась от Испании и стала вновь самостоятельным государством под управлением своего короля Иоанна IV. Марранов не радовал этот переворот, так как в ту пору португальская инквизиция была гораздо активнее испанской, а разделение стран мешало преследуемым переселяться в Испанию. Некоторые влиятельные марраны были замешаны в заговоре, имевшем целью свергнуть Иоанна IV и восстановить власть испанского короля; после раскрытия заговора они поплатились головой (1641). Под этим впечатлением «еврейской измены» собравшиеся в Лиссабоне кортесы возобновили прежний закон, запрещавший старохристианам вступать в брак с новохристианами; последним запрещалось также лечить католиков, содержать аптеки и т.п. Независимая теперь национальная инквизиция с новым усердием принялась за «чистку». В Лиссабоне ярче запылали костры аутодафе. В конце 1647 года был сожжен живым Исаак де Кастро Тартас, образованный юноша 24 лет, знаток древних и новых литератур. Вся его короткая жизнь прошла в скитаниях. Он родился в Португалии в марранской семье, бежавшей в Южную Францию, оттуда попал в Голландию, где формально принял иудейство, а затем очутился в Бразилии, находившейся под властью Португалии. Тут он был арестован агентами инквизиции и отвезен для допроса в Лиссабон. На допросе он утверждал, что в детстве не был крещен, так как мать подменила его при этом акте каким-то христианским младенцем. К узнику посылались в тюрьму богословы-доминиканцы и иезуиты, но они не могли убедить его в истинности христианского учения. Исаак Кастро умер героем: стоя в волнах пламени и дыма на костре, он потряс собравшуюся на площади толпу предсмертным криком: «Слушай, Израиль, Бог един!» Еще долго спустя лиссабонцы повторяли эти загадочные еврейские слова предсмертного вопля: «Шема Исраэль»...

Эмиграция марранов в Голландию и другие страны значительно сократила их численность в Испании и Португалии, и тем не менее их много еще оставалось в обеих странах, и «Sanctum officium» имело за кем следить. Шпионство и доносы не прекращались. Стоило кому-нибудь из соседей маррана проговориться, что такой-то или такая-то надевают по субботам чистое белье, чтобы тащить оговоренного в тюрьму как «иудействующего». Это заставляло марранов быть крайне осторожными и все более таиться от нескромных взоров. Женщины нарочно сидели по субботам за прялкой, притворяясь работающими, для того чтобы соседи видели, что они субботнего покоя не соблюдают. В дни поста христианская прислуга отсылалась под разными предлогами из дому, а хозяева клали в посуду разные объедки и вымазывали ее жиром для того, чтобы скрыть факт соблюдения поста. Малые дети воспитывались в католической вере, но, когда они подрастали и могли уже хранить тайну, родители, сообщали им основы еврейского вероучения. Наружно и родители и дети соблюдали католические обряды: ходили в церковь, на мессу, на исповедь, причащались, приходилось даже есть свинину, чтобы не навлечь на себя подозрения. Дома же соблюдались еврейские законы и обряды, насколько это было возможно при такой обстановке: по пятницам вечером зажигалась свеча, которая не тушилась; в субботу избегали делать тяжелую работу и одевались лучше; перед едой мыли руки; в той или другой степени соблюдались главные праздники и посты. Соборное богослужение в тайных молельнях происходило крайне редко, ввиду сопряженной с этим опасностью, но наедине молились многие. Отрицание божественности Христа, противоречащей догме абсолютного единобожия, считалось обязательным для иудействующего маррана.

Бывали случаи, когда в «иудейскую ересь» впадали и старохристиане, не имевшие в себе ни капли еврейской крови. Таких людей потрясал героизм мученичества марранов, погибавших на кострах с лозунгом «единого Бога», и они путем глубокого размышления доходили до отрицания христологической догмы. Молодой францисканский монах Диего де Ассумсао в Лиссабоне путем изучения Св. Писания убедился в истинности иудаизма и не скрывал этого от друзей. Его промучили два года в тюрьме инквизиции, посылали к нему ученых теологов для увещания, а когда это не подействовало, сожгли его на костре (1603). Такие случаи были естественны при родственных отношениях между старои новохристианами, когда в смешанных семьях уживались рядом строгие католики и готовые на мученичество тайные иудеи. Следующая характеристика семейного состава нескольких марранов, сожженных живыми или «in effigie» в большом аутодафе 1647 года, покажет, из каких социальных слоев инквизиция выхватывала свои жертвы. Вдова адвоката Мария Суарес и ее дочь томились в лиссабонской тюрьме несколько лет, между тем как четверо ее сыновей и двое племянников успели бежать из Португалии. Один из ее родных, католический священник в Сантареме, сидел в инквизиционной тюрьме, а другой спокойно исполнял обязанности священника в Риме. Инквизиторы уговорили старую вдову выдать всех знакомых ей иудействующих, обещая ей свободу, но, когда при встрече с дочерью мать услышала от нее упрек в предательстве, она взяла свои показания обратно и погибла на костре. Другая мученица, доминиканская монахиня Марианна Маседо, была дочерью испанского аристократа и марранки и находилась в родстве с высшей знатью в стране. Монахиня была обвинена в тайном иудействовании вместе со своей матерью и сестрой; от ужасов тюремного режима она умерла до казни, и на аутодафе были сожжены ее останки. Вообще в грандиозном аутодафе 1647 года фигурировали на лиссабонской площади 69 осужденных, из них 35 старохристиан, приговоренных к разным наказаниям за ереси или богохульство, и 34 маррана (в том числе 10 женщин), из которых 8 были сожжены, а прочие приговорены к заточению и другим наказаниям.