Эта ценная для марранов гарантия соблюдалась только до смерти короля Эммануила (1521). Его преемник Иоанн III (1522-1557) повел иную политику. Еще будучи инфантом, он выражал недовольство по поводу снисходительности своего отца к новохристианам. Королева Екатерина, испанская принцесса, уговаривала мужа ввести в Португалии автономную инквизицию против еретиков, по образцу испанской; в этом направлении сильно агитировали и доминиканцы. Король поручил двум лицам следить за поведением марранов. Один из них, выкрест Генрикес Нунес, усердно исполнял роль шпиона. Притворяясь марраном и поэтому имея доступ в дома «анусим», он обо всем докладывал королю. Он доносил, что в домах многих марранов он не видел икон, молитвенников и других принадлежностей католического жилища и что из Испании вероотступники продолжают ездить в Лиссабон, где можно удобнее «иудействовать». На основании этих донесений Иоанн послал Нунеса к испанскому королю Карлу для тайных переговоров о введении инквизиции в Португалии. Марраны узнали об этом и решили отомстить предателю. Переодевшись монахами, двое из них настигли Нунеса по дороге, близ города Бадахос, и убили его, отняв письменные доносы, которые он вез с собой для агентов инквизиции. Мстители, однако, были обнаружены и осуждены на лютую казнь: им отрубили руки и, привязав изувеченных к хвостам лошадей, поволокли на эшафот. Шпиона Нунеса духовенство причислило к лику мучеников церкви (1525). Убийством Нунеса воспользовались враги марранов для агитации против них. Кортесы жаловались королю, что марраны забрали в свои руки аренду крупных имений и хлебную торговлю, что они дают наибольший контингент врачей и аптекарей и в качестве таковых могут вредить здоровью пациентов-христиан. Марраны с тревогой следили за этой агитацией: они чувствовали приближение грозы.

В это время на горизонте появилась «звезда с востока»: в Лиссабон прибыл мнимый посол заморского «еврейского царя» Давид Реубени, заинтересовавший короля Иоанна своим планом похода против турок (§ 11). Марраны увидели в Реубени своего освободителя и целыми толпами ходили к нему на поклонение. Один из них, восторженный Соломон Молхо, сам выступил в роли освободителя и, уехав в Италию, стал во главе мессианского движения. Других мессианский энтузиазм увлек на путь борьбы.

Группа вооруженных молодых марранов пробралась в пограничный испанский город Бадахос, где недавно совершилось убийство Нунеса, и силой освободила нескольких марранских женщин, томившихся в тюрьме инквизиции (1528). Местные церковные власти жаловались португальскому королю на дерзость еретиков и настоятельно требовали, чтобы в Португалии была введена такая же строгая инквизиция, как в Испании. В это время Иоанн уже разочаровался в фантастической миссии Реубени и удалил его из Лиссабона, чтобы он не смущал марранов. Отсроченный раньше проект введения инквизиции снова стал на очередь.

В 1531 г. король Иоанн поручил своему послу в Риме немедленно исходатайствовать у папы Климента VII буллу об учреждении в Португалии самостоятельной инквизиции. В совете папы слышались голоса, что Иоанн, по примеру Фердинанда и Изабеллы, желает ввести инквизицию не столько из религиозного усердия, сколько ради конфискации состояния осужденных еретиков. Тем не менее папа удовлетворил просьбу португальского поела и выдал ему буллу. Марраны, заранее узнав об этом через своих друзей в Риме, поручили одному ловкому дипломату из своей среды, Дуарте де Пазу, воздействовать на курию в смысле отмены папской буллы. Были пущены в ход и связи с сановниками курии, и деньги, и политические доводы. Благодаря мягкости характера либерального Климента VII агитация марранов увенчалась успехом. Папа сначала велел приостановить введение инквизиции, а затем издал «буллу прощения» (1533), в которой объявил следующее: евреи, некогда насильно окрещенные, не могут считаться членами церкви и, следовательно, не подлежат ее суду за отступничество; дети же их, крещенные при рождении, считаются христианами и должны быть удерживаемы в этой религии, но их нельзя наказывать за полученное от родителей воспитание, а можно только привлекать к церкви мерами кротости и вразумления. Согласно «булле прощения», все арестованные марраны должны были получить свободу. Португальский король медлил с опубликованием этой буллы, надеясь добиться отмены ее от Павла III, занявшего тем временем папский престол после смерти Климента, но он обманулся в расчете. Когда папский нунций в Лиссабоне донес в Рим, что Иоанн вопреки булле продолжает арестовывать марранов, Павел III потребовал освобождения арестованных, и король вынужден был покориться: 1800 узников получили свободу (1535).

Скоро, однако, переговоры о введении инквизиции возобновились. Папа готов был дать свое согласие на это на следующих условиях, гарантирующих правосудие: чтобы следствие о вероотступничестве не основывалось на доносах домашних слуг и подозрительных лиц; чтобы показания свидетелей давались не секретно, а в присутствии подсудимых; чтобы допускались свидания родных и близких с заключенными; чтобы имущество осужденных не конфисковывалось в пользу казны, а передавалось их законным наследникам; наконец, чтобы на приговор инквизиционного трибунала допускалась апелляция в Риме. На эти условия король Иоанн, враг марранов и большой охотник до их конфискованных имуществ, не мог согласиться. Он обратился к посредничеству императора Карла V, прося его убедить папу в необходимости для Португалии автономной инквизиции по испанскому образцу. Павел III не мог противиться настояниям императора и издал буллу о введении инквизиции в Португалии (23 мая 1536), только со следующими ограничениями: в первые три года после учреждения трибуналов в них должны соблюдаться формы обыкновенного судопроизводства; имена обвинителей и свидетелей должны быть сообщаемы подсудимым; в первые десять лет имущества осужденных не должны конфисковываться в пользу казны.

Первый генерал-инквизитор Португалии, Диего да Сильва, еще соблюдал поставленные папой условия, но льготные годы подходили к концу, и на марранов надвигалась страшная диктатура инквизиции. Из Лиссабона снова отправилась марранская депутация в Рим и представила папе записку, в которой между прочим говорилось: «Если ваше святейшество отвергнете мольбы и слезы еврейского племени или, чего мы не ждем, откажетесь устранить зло, то мы пред Богом протестуем и с плачем и стонами будем протестовать пред лицом всего мира. Так как наша жизнь, наша честь, наши дети находятся в постоянной опасности, несмотря на то, что мы старались (наружно) воздерживаться от иудаизма, — то в случае, если тирания не прекратится, мы сделаем то, о чем при другом положении никто из нас не подумал бы: мы вернемся к Моисеевой религии и отречемся от христианства, насильно нам навязанного. Мы все оставим наши насиженные места, чтобы искать убежища среди менее жестоких народов». Папа послал в Лиссабон нового нунция с поручением следить, чтобы марранам не чинили излишних обид и не мешали им апеллировать в Рим на приговоры трибуналов.

Вскоре произошел случай, снова ухудшивший положение. В феврале 1539 г. на воротах церквей в Лиссабоне появились плакаты со следующей надписью: «Мессия не пришел; Иисус не был истинным Мессией». Народ заволновался, и король объявил награду в десять тысяч крузад тому, кто откроет имя автора богохульной надписи. Виновник был обнаружен: он оказался марраном по имени Мануил да Коста. Сознавшись под пыткой, он был сожжен на площади в Лиссабоне. С этого времени недоверие и ненависть к марранам усилились. Снисходительный генерал-инквизитор да Сильва был смещен, и его место занял брат короля, кардинал-инфант Генрих, ожесточенный враг новохристиан. Напрасно папа взывал к соблюдению гарантий правосудия, установленных при введении инквизиции: кардинал-инфант и назначенные им местные инквизиторы взяли себе дискреционную власть. В Лиссабоне, Коимбре, Эворе лихорадочно работали «священные трибуналы», тюрьмы переполнились узниками и на площадях пылали костры инквизиции. Португальские марраны были наконец уравнены в правах мученичества с испанскими.

В Лиссабоне, где инквизитором был Иоанн де Мелло, заключенные томились в подземных темницах; пытка, при помощи которой у несчастных вынуждалось сознание, состояла в палочных ударах, сдирании кожи с тела, поджаривании пяток и тому подобных мучительствах. Отправить маррана на костер было для Мелло истинным наслаждением. Он с восторгом изображает в письме к королю одно огромное аутодафе в столице: «Около ста осужденных составляли торжественное шествие. Светский судья вел их в сопровождении двух церковных хоров. Когда пришли на место казни, запели гимн: Veni creator spiritus! Один монах взошел на кафедру, проповедь была коротка, ибо в этот день предстояло много работы. Читались приговоры, сначала для осужденных на изгнание и временное заключение, потом — для осужденных на вечное заточение и наконец — для приговоренных к смерти. Последних было двадцать. Семь женщин и двенадцать мужчин были привязаны к столбу и заживо сожжены. Только одна женщина, вследствие полного раскаяния на исповеди, была помилована». Другой инквизитор, доминиканец Бернардо де Санта-Круц, усердно работал в Коимбре. В числе пойманных им жертв был богатый марран Симон Альварес. Инквизитор решил сжечь Альвареса и его жену за ересь, но для законности приговора нужно было, чтобы хоть один свидетель показал против обвиняемых, а такого, к досаде судей, не было. Тогда Бернардо взял на допрос шестилетнюю дочь Альвареса, поставил ее перед чашкой с раскаленными угольями и грозил сжечь на угольях ее ручку, если она не скажет, что ее родители наносили удары фигуре распятия; девочка сказала все, что от нее требовали, — несчастных сожгли на основании «свидетельского показания».

Возмущенный известиями об ужасах инквизиции, папа Павел III снова поручил своему нунцию в Лиссабоне настаивать на соблюдении важнейших гарантий правосудия, установленных в булле 1536 года. Тогда король Иоанн послал епископа Балтазара Лимпо на заседания Тридентского собора, чтобы обелить там черные дела португальских инквизиторов. Епископ произнес там пламенную речь в защиту благодетельной инквизиции и даже нападал на папу за то, что он не вводит такого же розыска против марранов, приютившихся в Италии и открыто исповедующих иудейство. Уступая большинству в соборе, Павел III наконец согласился на компромисс: он объявил прощение всем марранам, которые публично раскаются в отпадении от церкви и обяжутся быть добрыми христианами; после этого они, в случае отступничества, уже подлежат строгому суду инквизиции (1547). На основании этого эдикта тысячи марранов были освобождены из темниц Лиссабона, Эворы и Коимбры. Но спустя несколько лет эти тюрьмы наполнились новыми узниками из тех «раскаявшихся», которые впали в прежнюю ересь. Опять пошел в ход весь аппарат священного трибунала, со шпионством, арестами, допросами под пыткой, публичными аутодафе и конфискациями имущества. Наступивший вскоре, при Павле IV, резкий поворот римской курии в сторону католической реакции развязал португальским клерикалам руки; между ними и курией установилось полное единодушие.