Сантанхель и его родственник Габриель Санхес, тоже королевский казначей или сборщик налогов, поддерживали и дальнейшие предприятия Колумба. За свои услуги Сантанхель получил впоследствии от короля ряд привилегий, из которых одна была для него особенно дорога: освобождение от надзора инквизиции, которая следила за ним и его родственниками как подозреваемыми в склонности к иудейству. Санхес получил разрешение вывозить товары в Америку в то время, когда прочим подозреваемым марранам запрещалось эмигрировать и возить товары в новые земли, сразу втянутые в сеть католической церкви. Так как марраны, невзирая на официальные препятствия, массами устремились в «Новую Испанию» за океаном, то в 1511 году был издан закон, чтобы не пускать туда тех марранов, родственники которых были когда-либо осуждены инквизицией за иудаизирование. Скоро сама инквизиция пришла в Америку вслед за марранами.

Евреи оказали услуги и Португалии, когда Васко де Гама открывал морской путь в Индию через Южную Африку. Известный астроном и хронист Авраам Закуто в Лиссабоне помогал великому мореплавателю, во время приготовлений к экспедиции, своими советами и приборами для определения пути по звездам. В 1497 г. накануне изгнания евреев из Португалии, Васко де Гама отправился по поручению короля Эммануила со своей флотилией для установления прямых торговых сношений с Индией, и в этой экспедиции ему оказал важные услуги европейский еврей, состоявший «капитаном» при одном из индийских правителей. По обычаю своей родины Васко де Гама заставил этого еврея принять крещение и дал ему имя Гаспар де Гама. Гаспар де Гама сопровождал потом II экспедицию в Южную Америку под начальством Кабраля (1502), которая привела к завоеванию португальцами Бразилии. Позже награда евреям, поселившимся в португальских колониях, была та же, что в испанских: за марранами зорко следила инквизиция и тащила на костер уличенных в иудействе.

Испанские владения, как известно, сосредоточивались в ту эпоху в Центральной и Южной Америке. Туда, преодолевая все препятствия к эмиграции, направлялись многие марраны — одни только для торговых целей, другие в надежде найти там покой от преследований инквизиции. Эта надежда не оправдалась. Уже в первые десятилетия после поселения в Америке тамошние епископы стали получать от испанских королей звание инквизиторов и полномочия вести борьбу с еретиками. Так были назначены инквизиторами епископы Кубы и Порто-Рико (1516-1520). При Карле V была введена инквизиция в Мексике. Здесь в 1539 г. состоялось аутодафе; в числе осужденных на публичное покаяние или «примиренных с церковью» была и группа иудействующих марранов. В следующие десятилетия, в разгар реформации, жертвами инквизиции являлись преимущественно эмигранты из лютеран и кальвинистов. При Филиппе II в испанских колониях более усердно принялись за марранов, которые местами стали почти открыто исповедовать свою действительную религию. В 1571 г. в Мексике был учрежден настоящий инквизиционный трибунал с целью «очистить страну, оскверненную евреями и еретиками преимущественно из португальской нации». В конце XVI и начале XVII века там вызвал большое волнение процесс семьи Карваял. Португальский марран Луис Карваял считался таким добрым католиком, что был назначен губернатором мексиканского округа Ново-Леон. Он энергично заселял новый край эмигрантами, среди которых было много иудействующих марранов. Скоро там образовалась большая община, раввин которой был женат на сестре губернатора, Франциске. Когда инквизиция узнала об этом II приступила к арестам, многие члены общины разбежались. Допрошенная под пыткой, семья Карваял созналась и притворно покаялась: она проделала церемонию публичного покаяния на площади аутодафе, где сожгли нераскаявшихся, и была признана «примирившейся с церковью» (1593). Но через несколько лет обнаружилась непримиримость покаявшихся. Вновь брошенные в тюрьму, Франциска, ее дочери и родные мужественно переносили бесчеловечные пытки; ее юный племянник, названный «Иосиф Просветленный» (Jose Lumbroso), вообразил, что ему явился во сне царь Соломон и дал ему чудный напиток, делающий его нечувствительным к пыткам. В результате был ряд «грандиозных» аутодафе в городе Мексике, где погибла вся семья Карваял и прочие не успевшие бежать члены общины (1596-1602). Духовенство и королевские чиновники хорошо заработали на этом богоугодном деле: им достались огромные богатства казненных и заточенных, среди которых было много землевладельцев, плантаторов и владельцев рудников. Такие же массовые процессы устраивались в Мексике и позже (1646-1649).

Усиленно работала инквизиция в Перу, главной колонии испанцев в Южной Америке, к которой тяготели все другие: Чили, Ла-Плата, Аргентина. При Филиппе II, III и IV, когда из соединенных Испании и Португалии шли в колонии толпы марранов, инквизиционный трибунал в столице Перу, Лиме, имел богатую жатву. Потрясающая семейная трагедия раскрылась в одном из многочисленных процессов того времени. Молодой врач Франциск да Сильва, родившийся в Перу в марранской семье, где строго соблюдались обряды католичества, почувствовал влечение к религии предков после того, как он углубился в изучение Библии. Некоторое время Франциск скрывал свою ересь от своей жены, матери и двух сестер, но наконец не выдержал и посвятил в свою тайну любимую сестру Изабеллу, убеждая ее также перейти в еврейскую веру. Строгая католичка, Изабелла не только не склонилась на доводы брата, но стала думать, как спасти его грешную душу от вечного ада и как самой спастись от греха — умолчания на исповеди о брате-вероотступнике. После долгой душевной борьбы она открыла духовным отцам тайну брата. В конце 1621 г. Франциск да Сильва был арестован по приказу инквизиционного трибунала в Лиме и просидел в тюрьме 17 лет. К нему приходили монахи-богословы и убеждали его отречься от «религии дьявола», но он отвечал, что хочет умереть евреем. В долгие годы сидения в тюрьме он писал на испанском и латинском языках комментарий к Библии и трактаты, в которых иудействующим давались указания, как жить по истинной вере. Дело Сильвы затянулось на много лет, так как, в связи с этим процессом, инквизиция обнаружила большую группу иудействующих марранов, которые собирались для религиозных бесед в Лиме в доме своего единомышленника Переса, считавшегося образцовым католиком. Вместе со многими членами этой группы Сильва был сожжен 23 января 1639 года, когда в Лиме состоялось торжественное аутодафе. В следующем году Португалия отделилась от Испании и стала независимым государством, но сохранила верность заветам инквизиции в своих американских колониях.

Большая португальская колония в Южной Америке, Бразилия, имела значительные еврейские поселения еще в XVI веке, так как лиссабонское правительство часто ссылало туда иудействующих из Европы вместе с преступниками. Ссыльные могли быть благодарны за эту кару: на новых местах они свободнее исповедовали свою веру. Они широко развили здесь культуру сахара, и лучшие сахарные плантации в Бразилии принадлежали евреям. В начале XVII века им пришлось много страдать от преследований инквизиции, и поэтому, когда голландцы стали воевать с португальцами из-за Бразилии, тамошние марраны решили примкнуть к голландцам, носителям веротерпимости. Правление Вест-Индской компании в Амстердаме, финансируя поход голландцев на Бразилию, прямо заявило, что рассчитывает на помощь тамошних еврейских жителей. В голландской армии, вступившей в Бразилию в 1624 году, были также добровольцы-евреи из Европы. Постепенно, при помощи туземцев, недовольных португальцами, была занята вся страна. Под властью голландцев еврейские поселения в Бразилии процвели. Образовались еврейские общины в Рио-де-Жанейро и других городах; самая значительная община с синагогами организовалась в это время в городе Ресифе или Пернамбуко. В 1642 году туда направилась из Голландии большая партия еврейских эмигрантов, во главе которой стояли вышеупомянутый амстердамский хахам Исаак Абоав де Фонсека и ученый Моисей-Рафаиль де Агиляр. Абоав сделался раввином пернамбукской общины, а Агиляр — чтецом Торы и кантором в синагоге. Голландская Бразилия оживилась. Евреи развили экспорт туземных продуктов в Европу, и страну ожидала блестящая будущность.

Но недолог был период голландского владычества. В 1645 г. португальцы опять стали наступать на Бразилию. Война длилась девять лет. Евреи поддерживали голландцев и воинами-добровольцами, и денежными средствами. Во время осады Пернамбуко португальцами (1646) раввин Абоав горячо призывал свою паству к защите города. Осажденные умирали от голода и болезней, а бойцы — от меча врагов. В синагогах читались покаянные молитвы; одна из них была специально написана Абоавом для данного случая. Осада была снята, но война продолжалась до 1654 года, когда Бразилия была возвращена португальцам. При заключении мира голландцы выговорили амнистию для гражданского населения, в том числе и для евреев. Но как только португальское владычество восстановилось, губернатор приказал евреям покинуть Бразилию. Изгнанникам были даны 16 кораблей для отъезда. Вожди амстердамской группы, Абоав и Агиляр, со многими из ее членов вернулись в Голландию. Прочие изгнанники рассеялись по разным колониям Южной и Северной Америки, избегая испанских и португальских владений. Одни устроились в голландской Гвиане, другие — во французской (Кайенна), третьи уходили в колонии Северной Америки. Предание гласит, что часть бразильских выселенцев попала в город Новый Амстердам, позднейший Нью-Йорк, и таким образом положила начало той общине, которая через два с половиной столетия превзойдет по своей численности самые большие общины Старого и Нового Света. Но все это входит уже в историю следующих эпох.

С рассеянием сефардов национальная гегемония должна была перейти всецело к ашкеназам, к германо-австрийскому еврейству. Но оно было слишком слабо в социально-экономическом отношении, чтобы нести на себе все бремя гегемонии. Ему на помощь приходит широко разросшаяся восточная ветвь ашкеназов: многочисленное польское еврейство, которое заполняет пустое место, образовавшееся после разрушения испанского центра. Отныне гегемония становится германо-польской, даже в большей мере польской, чем германской. В германских и славянских государствах евреи образуют концентрацию однородных культурных групп, объединенных и общим языком: немецко-еврейским, переходящим из житейского обихода в литературу.

В жизни еврейских кварталов Германии и Австрии наступление «нового времени» не вызвало существенных перемен. Сохранилось средневековое бесправие, спорадически продолжались выселения из разных городов, и только случаи массовых погромов стали реже. Гуманизм первой эпохи реформации не мог вполне победить армию «темных людей» в немецком народе; благородные Рейхлины влияли на единичных лиц, Пфеферкорны и обскуранты развращали своей юдофобской агитацией совесть масс. Реформа Лютера до некоторой степени просветила умы, но не смягчила сердец, не создала режима терпимости и человечности. Лютеранство само должно было вести жестокую борьбу за существование с католицизмом и более крайними реформаторскими учениями, а результатом такой борьбы не могла быть терпимость к чужим верованиям. Раскол в церкви и междоусобные религиозные войны XVI и XVII веков ожесточили христиан друг против друга, но не смягчили их по отношению к старому «врагу церкви», который продолжал быть конкурентом II в области экономической. Чем больше тянулась Германия к крупной индустрии и торговле, тем завистливее относилось христианское купечество к еврейскому и тем усерднее старалось оттеснять своих конкурентов на низшие ступени социальной лестницы. Тяжелый гнет сословного режима испытывали в одинаковой мере еврейские общины протестантского Франкфурта-на-Майне и католической Вены или Праги.